Los consejos superiores son los órganos de deliberación de la administración superior de la universidad. La Secretaría Ejecutiva de los Consejos es responsable por el asesoramiento a los Consejos Superiores de la FURG.

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Consun

El Consejo Universitario (Consun) es el órgano máximo deliberativo de la Universidad, destinado a trazar la política universitaria y a funcionar como órgano de recursos de las decisiones tomadas por el Consejo de Enseñanza, Investigación, Extensión y Administración (Coepea) en primera y única instancia.

El Consejo Universitario es constituido:
- por el rector, como su presidente;
- por el vicerrector, como su vicepresidente;
- por representación de las unidades académicas;
- por representación de los docentes;
- por representación de los servidores técnico-administrativos en educación;
- por representación de los estudiantes de graduación;
- por representación de los estudiantes de posgrado;
- por representación de la sociedad.

También forma parte del Consejo Universitario el último exrector que tenga cumplido integralmente el mandato. Los representantes tienen mandato de dos años. La representación de la sociedad es indicada por el Consejo de Integración Universidad-Sociedad.

Coepea

El Consejo de Enseñanza, Investigación, Extensión y Administración (Coepea) es el órgano superior deliberativo de la Universidad en materia administrativa, didáctico-científica, tecnológica y cultural, con el fin de asegurar el pleno funcionamiento y desarrollo de la enseñanza, de la investigación y de la extensión.

El Coepea está estructurado en cámaras, de acuerdo con lo que dispone el Reglamento General de la Universidad. Las cámaras son órganos deliberativos de carácter temático, constituidos por los coordinadores de los cursos de graduación y posgrado stricto sensu, prorrectores, y directores de los campi de Santo Antônio da Patrulha, Santa Vitória do Palmar y São Lourenço do Sul.

El pleno del Consejo de Enseñanza, Investigación, Extensión y Administración es constituido:
- por el Rector, como su Presidente;
- por el Vicerrector, como su Vicepresidente;
- por los Prorrectores;
- por los Directores de las Unidades Académicas;
- por 01 (un) representante elegido de entre los integrantes de cada una de sus cámaras;
- por representación de los docentes;
- por representación de los servidores técnico-administrativos en educación;
- por representación de los estudiantes de graduación;
- por representación de los estudiantes de posgrado.

Las formas de elección de los representantes, así como su proporción, son definidas en el Reglamento General de la Universidad.